Храм преноса моштију светог оца НиколајаО првобитном храму који се налазио на овом месту има мало података. Поједини истраживачи, археолози и историчари, сматрају да се на овом месту налазио катедрални храм нишке епископије у средњем веку. Овај храм је по свему судећи био посвећен светом великомученику Прокопију, чије су се мошти чувале у њему. О овом храму се зна само да је подигнут пре 1204. године, када се спомиње њен епископ Кирило. Остаци овог храма и данас су видљиви, унутар и око параклиса Преображења Господњег у храмовној порти.
Храм светог Прокопија у Нишу, разорен је вероватно у турским освајањима у XIV веку, када су и мошти светог Прокопија однете у суседни град који је касније по њему добио име Прокупље. Овај храм је обновљен почетком ΧVII века, али ништа детаљније о обнови, као ни судбини храма пре ње није остало забележено, осим тога да је био посвећен светом Николају Мириликијском. Овај храм у потпуности је разорен од Турака 1690. године, након Прве сеобе Срба. Када је 1860. године Феликс Каниц обишао рушевине овог храма, пронашао је трагове „веома старих фресака,“ које су највероватније припадале овом храму. Храм је обновљен свесрдним трудом нишког митрополита Јоаникија I и нишког архиђакона Серафиона у периоду од 1722. до 1727. године. На порталу овог храма, био је постављен натпис, на коме је било забележено: „Извољенијем Оца и поспјешенијем Сина и свршенијем Духа Светога, сазида се овај божанствени храм светог оца Николаја, трудом и подвигом преосвећеног господина и митрополита нишког господина кир Јоаникија и служитеља архиђакона Серафиона, уз помоћ свих хришћана и рувета и трговаца и настојатеља кир Стојана, године од Рождества 1722.“
О самој изградњи храма, приходима, прилозима и трудовима остало је сачувано много података у Тефтерима нишке митрополије, који су до данас сачувани. Поред храма се у овом периоду налазила, или је тада подигнута, зграда нишке митрополије, која је имала велики земни посед. Након смрти митрополита Јоаникија I 1734. године, трон нишког митрополита заузеће Георгије Поповић. У то време започео је Аустро- турски рат. Турци су опустошили Ниш, а митрополит Георгије Поповић је пребегао са народом преко Саве и Дунава. Турци су поново похарали храм, али га нису срушили јер је био направљен од чврстог материјала. Поред њега подигли су минарет, а храм назвали „Фетије џамија,“ што значи покорена џамија. Овај минарет је неколико пута падао, па су Турци због страха неколико пута до 1862. године, враћали храм нишкој митрополији. Нишки Митхад паша је срушио овај храм 1862. године и источно од њега, подигао је у периоду од 1863. до 1864. године нову џамију. Ослобођење Ниша затекло је и ову џамију. Јован Хаџи Васиљевић је записао једну интересанту анегдоту: „Кад су Срби узели Ниш и почели га уређивати, дође једног дана српском старешини једна депутација у којој беху хоџа, муфтија и више одабраних Турака, и предложе: да се ова богомоља ,,врати у своју веру“, то јест, да се претвори у Цркву. Ми знамо, рекоше они;- да та богомоља увек иде ономе коме Бог да власт над Нишем. Па је, вала, право да и сада пређе у своју стару веру! Понуда се прими. Срби криву мунару оборе да не би кога притисла, а на Цркву светога Николу ставе сјајни крст! Од тога доба у ,светом Николи опет се служи служба Божија.“
Све ово што је Јован Хаџи Васиљевић записао догодило се 1879. године. Свечано освећење храма извршио је на празник светих Константина и Јелене 1879. године нишки владика Виктор Чолаковић Хиландарац. У храму је постављен иконостас, рад уметника Илије Димитријевића. Са западне стране храма је 1926. године дозидана звонара. Храм је у потпуности обновљен крајем ХХ века, када је у многоме изгубљен његов првобитни изглед.
Параклис светих Козме и Дамјана у Војној болници у Нишу
О параклису се стара протонамесник Димитрије Петровић, парох други при Храму Светог оца Николаја.
Параклис светог Јована Милостивог у Клиничко- болничком центру Ниш
О параклису се стара протонамесник Димитрије Петровић, парох други при Храму Светог оца Николаја.